上世紀末期以來，隨著水生態環境持續惡化，流域生態補償也逐漸成為我國生態補償實踐的重點領域，尤其是2010年西南諸省百年不遇的大旱再次使水資源問題暴露在公眾面前，亟需在制度層面予以破解。流域生態補償是指通過一定的政策手段促使流域生態保護外部性內部化，讓流域生態保護成果的“受益者”支付相應費用;通過制度設計解決好流域生態環境這一特殊公共物品消費中的“搭便車”現象，激勵流域生態環境這種“公共物品”的足額提供;通過制度創新實現對流域生態投資者的合理回報，激勵流域上下游的人們從事生態保護投資并使生態資本增值。我國流域生態補償實踐主要有三種模式:一是以流域源頭保護為主的項目補償模式;二是流域水污染控制責任制及跨區補償模式;三是基于水資源短缺的水權交易補償模式。其中以項目補償模式為主，以水污染控制為目標的流域跨區補償實踐呈明顯上升趨勢，水權交易補償模式還只是在特定區域內存在。三種實踐模式各有優勢，對于調節上下游區域間的利益矛盾、促進流域水生態資源環境的可持續利用起到了較好的效果，但也存在諸多缺陷，如未從關鍵因素———水權設置入手解決區域外部性問題，未從斷面水質水量出發建立系統的水資源補償機制。因此，亟待在實踐中進行水權制度創新，在水資源單一國家所有制的基礎上豐富與明晰水資源權益，建立以國家水資源終極宏觀調控管理權和區域具體水資源財產收益權的二級水資源權責制度，借助流域行政區域斷面水量、水質的可測量技術及其已有流域補償的成功經驗，構建水資源補償與優劣水質獎懲責任制相結合的流域跨區水資源補償機制，以推動我國經濟社會協調可持續發展。

一、以流域源頭保護為主的項目補償模式

長期以來，由于對生態環境問題的重要性缺乏足夠的認識，導致流域生態環境惡化已成為影響我國人民生活、經濟可持續發展的重要因素。在這一背景下，20世紀末期以來，我國啟動實施了一系列大型生態環境建設項目，如青海三江源自然保護區生態保護和建設總體規劃的制定與實施，退耕還林、天然林保護、“平垸行洪、退田還湖、移民建鎮”、森林生態效益補償基金制度的建立與運行等，對生態環境建設的重視程度及建設規模前所未有。這些國家主導的重大生態建設項目盡管當時并沒有冠名為“生態補償”，但在實施過程中包含有對因流域源頭生態保護而利益受損主體的補償內容，緩解了流域源區生態保護與生存發展的矛盾，實際可納入生態補償范疇。在中央政府推進的重大生態環境建設項目之外，各省級政府也以特定項目開展了更具生態補償性質的流域環境保護實踐。在該層次的生態環境建設實踐項目中，較為典型和具有代表性的有，北京對密云、官廳水庫上游河北、山西的補償，浙江省在金華江流域、新安江流域、錢塘江流域以及全流域開展的對源頭的生態補償實踐，福建省在閩江流域、九龍江流域、晉江流域開展的下游對上游的補償，江西對東江源頭及五河源頭區域的保護性投入等。從上述流域生態環境補償的實踐與發展趨勢看，對流域源頭地區生態補償的保護性專項投入，中央政府仍在進一步加大力度，各省級政府也都在陸續跟進，使其成為我國目前占絕對主導地位的流域生態補償模式，并展示了這一補償模式的三個突出特色。

第一，建設關注的重點在江河源頭的水生態環境保護。我國流域生態補償實踐中較為突出的特點是政府重視對江河源區的保護。由于源頭對于整個流域的生態安全至關重要，從中央到地方都非常重視對流域源頭地區的保護性投入。納入保護范圍的天然林、重點生態公益林主要分布在流域的源頭地區，不僅國家專門啟動了對三江源等地區的生態保護工程，各地方政府實施的地方流域生態補償實踐探索同樣也是集中在對源頭地區的保護上。從公平角度講，江河源區人民有權利用當地資源尤其是礦產、森林和水(包括排污)資源以獲得財富，但由于源頭往往被政府劃為保護區而實行嚴格的產業準入制度，有礦不能采、有林不能伐、污水不能排，嚴重影響了源區經濟發展與人民的收入及生活水平，對源頭區域進行生態補償理所當然;簡單地以資源國有為由采取行政禁止性規定及措施而不對源頭地區進行合理補償則有悖社會公正。同時，相比以“先破壞、后治理”為特征的傳統發展模式，對流域源頭的保護更具可持續發展內涵。

第二，補償投入載體突出生態項目建設，強化了針對性。無論是國家的大型生態建設工程，還是地方政府實施的流域生態補償都是以項目為依托，在年度財政預算中安排一定的資金用于流域源頭生態保護與環境治理。在生態補償的具體實施過程中，補償資金的使用也是以項目為依據。如地方生態公益林批準立項成為國家重點公益林或省級重點公益林后，補償資金通過財政轉移支付手段劃入地方林業部門，然后林業部門把補償資金落實到具體的保護項目上;在閩江流域生態補償實踐中，福州與三明、南平共同設立的專項資金主要用于閩江上游三明、南平段的治理，重點安排畜禽養殖業污染治理、農村垃圾處理、水源保護、農村面源污染整治等項目。

第三，補償資金由政府財政轉移支付。從流域源頭保護補償實踐看，我國流域生態補償主要是政府間的補償，通常采取上下級政府間的縱向財政轉移支付和同級政府間的橫向財政轉移支付兩種補償方式。生態補償的本質內涵是生態環境的受益者對因保護環境或環境破壞而利益受損者的補償，但由于我國自然資源的國家所有屬性，兼之流域生態環境保護的受益者眾多，而對保護水環境作出貢獻的個體、水污染的受害者也難以精確具體，因而在我國較合適的方式是由不同區域政府分別代表受益者與利益受損者的利益，通過公共財政的轉移支付手段實施流域生態補償。由于流域的跨行政區域特性及同級政府間缺乏談判基礎，我國流域生態補償的支付方式以上級政府對下級政府的縱向轉移支付為主，而同級政府間的橫向轉移支付則極為少見。從基于流域源頭生態保護的政府項目補償模式

實踐看，它對保護流域源頭生態環境所起的重要作用無可置疑，但諸多不足也顯而易見:第一，補償范圍狹小，顧頭不顧身。流域源頭在水利部門有著嚴格的界定，其地理范圍相對狹小，既沒有覆蓋流域所有干支流的源頭，更沒有考慮全流域最廣大的中間身軀;而流域是一個從源頭到河口較為完整的、開放的生態系統，如果補償只對狹小的流域源頭區域而無視漫長廣闊的中間腰身，則因缺乏流域生態保護的整體與系統性考慮，而將導致流域水資源生態環境保護目標落空。第二，流域生態補償隨意性大且缺乏持續穩定性與長效機制。由于補償以項目為依托而缺乏整體與系統性考量，不僅有可能導致補償立項的隨意性，而且將導致建設工程規劃期結束后補償建設是否持續存在不確定性;一旦補償政策退出，老百姓將面臨生存問題，最后可能仍然回到原來的生產生活方式，在原有土地上尋找經濟來源，使生態功能再度回歸到經濟功能，生態補償的成果難以維持。第三，沒有體現對屬地水資源收益權的補償。雖然對流域源頭的保護性財政投入在客觀上承認了源頭區域是水資源的貢獻者，但還沒有明確源頭地區對水資源應擁有實際的水資源權益，即水資源財產收益權，當然就更沒有從水資源的角度考慮與設計補償機制。這就意味著流域生態補償依據、補償主客體確定、補償標準、生態補償機制運行等諸多方面還沒有形成系統的科學依據，易于導致補償金額偏低、激勵不足、效果不佳問題。